Organizację Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Kędzierzynie-Koźlu, w tym zakres działania poszczególnych komórek organizacyjnych, określa Regulamin Organizacyjny Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej, zatwierdzony przez Wojewodę Opolskiego.
W skład Powiatowej Stacji wchodzą komórki organizacyjne, które przy znakowaniu spraw i pism używają następujących symboli:

1. Oddział Epidemiologii (EP),
2. Oddział Higieny Żywności, Żywienia i Przedmiotów Użytku (HŻ),
3. Oddział Higieny Komunalnej (HK),
4. Oddział Higieny Pracy (HP),
5. Sekcja Higieny Dzieci i Młodzieży (HDM),
6. Sekcja Oświaty Zdrowotnej i Promocji Zdrowia (OPZ);
7. Stanowisko Pracy ds. Zapobiegawczego Nadzoru Sanitarnego (NZ);
8. Stanowisko Pracy ds. Statystyki, Informacji i Oceny (ST);
9. Oddział Ekonomiczny i Administracyjny (DEA);